Nota de serviço prestado com Dedução

Olá! 

Gostaria de tirar uma duvida, tenho uma empresa do lucro presumido que presta serviços 10.02 ( Agenciamento, corretagem...) que agora tem o regime especial que solicitou a Prefeitura. 

Com esse regime especial ele faz uma dedução em algumas notas de serviços prestados para o calculo de ISS, exemplo ele emitiu uma nota no valor de R$ 9.360,00 Dedução R$ 2.340,00 Base de calculo R$ 7.020,00 após a dedução e é gerado o valor do ISS sobre este valor de R$ 7,020,00, a minha duvida é sobre o momento que eu for fazer o calculo para gerar os impostos federais (PIS, COFINS, IR e CSLL) eu considero o valor total do faturamento ou o valor do faturamento menos a dedução?  

Débora, boa tarde

depende a que se refere essa dedução:
se for valor que NAO pertence a empresa ( ela vai repassar para outra empresa, conta alheia)
vai ser os R$ 7.020,00

MAS, por exemplo, de for material utilizado  para a prestação do serviço  será os R$ 9360,00

Márlus